日立掃描電鏡的特點是激發(fā)光從物鏡向下落射到標(biāo)本表面，即用同一物鏡作為照明聚光器和收集熒光的物鏡。光路中需加上一個雙色束分離器，它與光鈾呈45度，激發(fā)光被反射到物鏡中，并聚集在樣品上，樣品所產(chǎn)生的熒光以及由物鏡透鏡表面、蓋玻片表面反射的激發(fā)光同時進(jìn)入物鏡，反回到雙色束分離器，使激發(fā)光和熒光分開，殘余激發(fā)光再被阻斷濾片吸收。
使用日立掃描電鏡采用入射光觀察的標(biāo)本，它的準(zhǔn)備工作十分簡單，只是清潔標(biāo)本的表面并切割為適當(dāng)大小的小塊。而用透射光觀察的標(biāo)本，必須具有由于光吸收的差異而產(chǎn)生的一定反差，才能在日立掃描電鏡下被觀察到。為此，標(biāo)本必須經(jīng)過一系列復(fù)雜的處理和制備過程，這種制備技術(shù)就是我們一般所說的生物顯微技術(shù)。
無論是透明的材料或不透明材料、甚至熒光材料都可以分析出較為理想的效果。在較低放大率下，移動采樣階段可以找到待分析的樣本、放大的和聚焦的樣本。較簡單的方法是找出邊界明顯的特征點，使用對比度、亮度、放大率和焦距來制作圖像，然后在樣本的基礎(chǔ)上尋找或選擇感興趣的分析站點。
日立掃描電鏡的調(diào)焦結(jié)構(gòu)分為微動調(diào)焦和粗動調(diào)焦兩部分：
1、微動調(diào)焦結(jié)構(gòu)
微動機構(gòu)有齒輪式，杠桿式，行星輪式等結(jié)構(gòu)形式，中以齒輪式粗、微動同軸結(jié)構(gòu)使用得普通。
2、粗動調(diào)焦結(jié)構(gòu)
粗動調(diào)焦機構(gòu)一般采用齒輪與齒條的嚙合運動形式，選用組織穩(wěn)定而耐磨性較強的合金材料，并經(jīng)過精密加工而成。
當(dāng)轉(zhuǎn)動粗動手掄時，全相試樣表面對光學(xué)系統(tǒng)發(fā)生相對運動，被調(diào)系統(tǒng)作準(zhǔn)確的直線運動。移動時效尾與燕尾榴配合平穩(wěn)，沒合松動或過緊的現(xiàn)象。而齒輪與齒條的齒合精度由調(diào)整齒條與齒輪的中心距保證。
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